علت دقیق ایجاد این کانونهای غیرطبیعی رشد در مغز مشخص نیست و این تومورها احتمالاً از مجموعهای از عوامل ژنتیکی و محیطی منشأ میگیرند. در کودکان، شایع ترین تومورهای هیپوتالاموسی گلیومها هستند. گلیوما بر اثر رشد بی رویة سلولهای گلیال ایجاد میشود. این سلولها در محافظت و پشتیبانی از سلولهای عصبی مغز نقش دارند. تومورهای منشأ گرفته از بافت گلیال میتوانند در هر سنی رخ دهند و عمدتاً شدت درگیری و تهاجم و نیز خطر آنها در کودکان بیشتر از بالغین است. در بالغین، بیشتر تومورهای مغزی در هیپوتالاموس بر اثر انتشار از سایر نقاط بدن و بصورت متاستاتیک از کانونهای سرطانی دیگر منشأ میگیرند. به این تومورها، تومورهای ثانویه گفته میشود؛ در مقابل تومورهای اولیه که از بافت خود مغز نشأت گرفته اند.
افرادی که دچار سندرم مادرزادی نوروفیبروماتوز هستند، در معرض خطر بالاتری برای ابتلا به تومورهای هیپوتالاموسی قرار دارند. علاوه بر آن، تماس با اشعة یونیزان، به عنوان مثال در پرتودرمانی نیز به صورت کلی افراد را مستعد ابتلا به انواع تومورها از جمله تومورهای مغزی و تومورهای قاعده جمجمه میسازد.
تومور کرانیوفارنژیوما
این تومور شایع ترین تومور خوش خیم غده هیپوتالاموس است و با علائم اختلالات هورمونی تظاهر پیدا میکند. وجود توده کرانیوفارنژیوم در هیپوتالاموس مانع از آزادسازی هورمونهای آزادکننده و در نتیجه اختلال در ترشح هورمونهای هیپوفیزی میگردد. در مواردی که توده رشد زیادی پیدا کرده باشد، به علت فشار بر روی محل تقاطع اعصاب بینایی، اختلال دید به صورت از دست دادن میدان بینایی دوطرفه بروز میکند.